Rūjienas mācītāja Riharda dēls. Bērnības un jaunības gadus pavadījis Rūjienā. Mācījies Rūjienas draudzes skolā, Cēsu ģimnāzijā, studējis Tērbatas (Tartu) universitātē.
Doktora disertāciju aizstāvējis 1871.gadā. Bijis profesors Tērbatā, Vircburgā un Berlīnē. Piedalījies franču- prūšu un krievu- turku karā. No 1878.gada strādā Vācijā.
Ernsts fon Bergmanis no X starptautiskā ārstu kongresa tribīnes 1890.gadā pasludināja aseptikas pamatlikumu, kur ievēro arī mūsu dienās. Izpētījis arī lepras izplatīšanos Vidzemē un ierosinājis pirmo leproziju celšanu Latvijā. Sarakstījis vairākus zinātniskus darbus par kara ķirurģiju u.c.