Dzimis Naukšēnu pagastā. 1953.gadā absolvējis Rūjienas vidusskolu. 1957.gadā beidzis LVU Ekonomikas fakultāti. No 1959.gada ir LPSR Zinātņu akadēmijas Ekonomikas institūta zinātniskais līdzstrādnieks, no 1063.gada šī institūta Cenu veidošanas un saimniecisko aprēķinu sektora vadītājs. Publicējis zinātnisku darbu lauksaimniecības ekonomikas jautājumos. No 1971. gada Ekonomikas zinātņu doktors, no 1978.gada LPSR ZA korespondētājloceklis, no 1987. gada LZA akadēmiķis , no 1984.gada LPSR Nopelniem bagātais zinātniskais darbinieks un LPSR ZA Sabiedrības zinātņu nodaļas akadēmijas sekretārs, profesors. 1989.gadā LR MP priekšsēdētāja vietnieks. Ekonomikas ministrs No 1991.gada līdz 1993.gada janvārim.1999.gadā kandidē Latvijas Valsts prezidenta amatam. No 2005.gada Arnis Kalniņš ir emeritēts Latvijas Zinātnieks.1982.gadā saņēmis Deglava prēmiju. 2008.gadā apbalvots ar Triju zvaigžu ordeņa III šķiru.